朱耷花鸟画风可分为三个时期：50岁以前为僧时属早期，多绘蔬果、花卉、松梅一类题材，以卷册为多，画面比较精细工致，劲挺有力；50岁至65岁为中期，画风渐变，喜绘鱼、鸟、草虫、动物，形象有所夸张，用笔挺劲刻削，动物和鸟的嘴、眼多呈方形，面作卵形，上大下小，岌岌可危，禽鸟多栖一足，悬一足；65岁以后为晚期，艺术日趋成熟，笔势变为朴茂雄伟，造型极为夸张，如画鱼、鸭、鸟等，皆以白眼向天，不以青眼看人，充满倔强之气。他的山水画初师董其昌，后又上窥黄公望、倪瓒，多作水墨山水，笔墨质朴雄健，以放任恣纵见长，清逸横生，不论大幅或小品，都有浑朴酣畅又明朗秀健的风神，意境荒凉寂寥，作品中常有一些出人意表的结构造型。其画笔墨简朴豪放、苍劲率意、淋漓酣畅，构图疏简、奇险，风格雄奇朴茂。亦长於书法，擅行、草书，宗法王羲之、王献之、颜真卿、董其昌等，以秃笔作书，风格苍劲圆润、流畅秀健，意境高远。