早年向伯父恽向（明末山水画家）学画山水，取法元代王蒙、黄公望、倪瓒，并上溯董源、巨然。中年以后转为以画花卉禽虫为主。他从明代沈周、孙隆等人的作品中吸取创作经验，再参考画史文献资料，创造“仿北宋徐崇嗣”的没骨花卉画法。特点是以潇洒秀逸的用笔直接点蘸颜色敷染成画，讲究形似，但又不以形似为满足，有文人画的情调、韵味。其山水画亦有很高成就，以神韵、情趣取胜，与“四王”、吴历并称“清初六大家”。他又善诗文和书法，诗被誉为“毗陵六逸之冠”。书法主要学褚遂良，被称为“恽体”。其父恽日初诗文杰出，为“复社”中人。